面對各種不同性能的產品，咱們又該如何選擇呢?建議大家首先要走出認識熒光定量PCR的兩個誤區(qū)：
誤區(qū)一：儀器通道越多越好
隨著PCR技術的成熟運用，多重擴增越來越熱鬧，熒光定量PCR儀也不能幸免。從最初單通道熒光定量PCR儀發(fā)展到如今的4通道、5通道甚至6通道熒光定量PCR儀，眼花繚亂的選擇讓人無所適從，就有人一不小心走進了“通道越多越好”的誤區(qū)。
在使用有些5通道的熒光定量儀時，為了確保實驗結果的精確性和準確性都要在實驗中使用ROX(一種熒光染料)或專用的Reference dye ，這些熒光染料都必須單獨使用一個檢測通道。這樣一來，真正能檢測多重PCR熒光信號的有效通道只有4個，而且使用校正染料可能會增加后期的使用成本。有的熒光定量PCR的檢測通道是只為自已的專用的熒光染料或試劑開放的，有效檢測通道也絕非像宣傳資料中宣稱的那么多。在購買前確認熒光定量PCR儀器的有效檢測通道尤為重要，考慮多重熒光定量PCR的通道數(shù)的時候也應該從實驗室實際情況出發(fā)，不能單單只聽宣傳。
誤區(qū)二：real-time PCR儀無需梯度功能
對于使用染料法的定量PCR反應，雖然有各種各樣的PCR引物設計軟件或者經驗公式計算熔解溫度(Tm值)，但運用的公式不同、引物序列不同，Tm值的差異會很大。引物的熔解溫度決定了退火溫度。而且模版中堿基的組合千變萬化，對于特殊片斷，經驗公式得到的數(shù)據不一定能得出準確的結果，退火溫度細微的差異對結果都可能產生決定性的影響，因而“摸條件”一度是讓人很頭疼的問題。梯度PCR的出現(xiàn)部分解決了一些問題——在反應過程中每個孔的溫度控制條件可以在規(guī)定范圍內按照梯度變化，根據結果，一步就可以摸索出適合的反應條件。
不單退火溫度，連變性溫度和延伸溫度都可以優(yōu)化——對于多種聚合酶混合酶擴增的多數(shù)高保真Taq酶來說這個非常重要，因為Taq和校正酶的最佳反應溫度可能有顯著差異，優(yōu)化延伸溫度就顯得很重要。
使用有梯度功能的熒光定量PCR可以一次完成以往多次實驗才能完成的優(yōu)化過程，簡化了摸索 PCR反應條件的繁瑣實驗，既節(jié)省實驗時間提高效率，又節(jié)省實驗成本。
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